Microsoft et la bio-informatique open source : c’est pas encore ça !

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Mikelo - CC by-saRien à faire, la culture propriétaire est dans l’ADN de Microsoft.

Quand bien même, avec sa nouvelle Microsoft Biology Foundation, la société décide de montrer a priori patte blanche, ou plutôt « patte open source » à une communauté scientifique (ici la bio-informatique) de plus en plus consciente de ce qui est bon pour elle.

Espérons du coup qu’elle ne sera pas dupe. C’est ce qui vient nous rappeler avec causticité Glyn Moody sur son blog[1].

Les implants biologiques de Microsoft

Microsoft’s Biological Implants

Glyn Moody – 6 novembre 2009 – Open…
(Traduction Framalang : Julien et Cheval boiteux)

Microsoft se montre à la hauteur de ses vieilles ficelles consistant à offrir de jolies babioles aux naïfs avec la Microsoft Biology Foundation :

La communauté bio-informatique a développé une solide tradition de développement ouvert, de partage de code et de support multi-plateforme, et un certain nombre de boîtes à outils (NdT : toolkits) spécifiques à chaque langage sont désormais disponibles. Ces boîtes à outils sont précieuse à la la communauté, en promouvant le partage du code et en établissant des standards de fait.

La Microsoft Biology Foundation (MBF) est une boîte à outils générique pour la bio-informatique construite comme une extension pour le framework .NET. Actuellement, il met en oeuvre une gamme d’analyseurs syntaxiques pour les formats de fichiers communs dans la bio-informatique ; une série d’algorithmes permettant de manipuler des séquences d’ADN, d’ARN et de protéines; et un ensemble de connecteurs à des services Web de biologie comme NCBI BLAST. MBF est disponible sous une licence open source, et les exécutables, le code source, les applications de démonstration ainsi que la documentation sont téléchargeables gratuitement depuis le lien ci-dessous.

J’aime beaucoup la transition de « solide tradition de développement ouvert, de partage de code et de support multi-plateforme » à « tenez, allez faire mumuse avec ces joujoux du framework .NET remplis de brevets ».

Le problème étant, évidemment, qu’une fois que vous avez consciencieusement installé le framework .NET, avec tous les brevets que Microsoft prétend détenir dessus, et que vous vous y retrouvez enfermé par les usages et habitudes qui y sont liés, vous faites partie de l’écosystème contrôlé par Microsoft. Et vous allez probablement y rester, étant donné que Microsoft n’essaye même pas de promettre que cette camelote sera portée sur d’autres plateformes.

Parce que, sous le titre trompeur « multi-plateforme et interopérabilité », il est dit :

MBF fonctionne bien sur le système d’exploitation Windows et avec un éventail de technologies Microsoft.

Ouais ? Et qu’en est-il des technologies et systèmes d’exploitation non-Microsoft ?

Nous avons l’intention de travailler avec la communauté de développeurs pour profiter de l’extensibilité de MDF et supporter un nombre croissant d’outils Microsoft et non-Microsoft à mesure que le projet se développe.

Bien, mais ça n’a aucun rapport avec le fait d’être multi-plateforme : ils disent juste que ça va fonctionner avec d’autres outils – la belle affaire.

Si j’étais un biologiste, je me sentirais insulté par cette tentative à peine déguisée de faire rentrer de tels logiciels remplis de brevets au sein de la communauté bio-informatique, qui a une longue et glorieuse tradition d’usage et de soutien au logiciel libre, qui est réellement libre et réellement multi-plateforme, ce qui signifie tenter d’enfermer l’une des communautés les plus florissantes et dynamiques du monde logiciel.

Notes

[1] Crédit photo : Mikelo (Creative Commons By-Sa)

7 Réponses

  1. Quelle belle initiative de MS de tenter de rendre leur plateforme utilisable par des bioinformaticiens…

    Mais ce n’est heureusement pas demain la veille qu’on aura des centres de calculs .NET, et l’apport de nombreux chercheurs sur des langages ouverts comme R, Perl ou Python serait difficile à rattraper.

    En attendant, c’est surtout MacOS qui domine (très largement) dans les bureaux bioinformaticiens, et Linux pour les centres de calculs.

  2. Les outils bioinformatiques sont généralement moches et pas toujours ergonomiques mais ils en ont sous le capot. Avev Microsoft, ça risque d’être l’inverse. Et ça risque de séduire certains…

  3. J’espère que ce n’est pas utilisé avec l’argent du Téléthon … Sinon, un scandale de plus à venir !

    Au fait ; ils utilisent quoi au Généthon …

  4. Pourquoi voir le mal partout….
    C’est vrai que ici, sur ce blog c’est plein de pro-libres qui font plus de l’utilisation de libre et de la critique de propriétaire parce que c’est à la mode et pour se faire passer pour un geek, mais il ne faudrait sortir de cette rengaine qui ici enlève tout jugement à la personne qui se fait happer dedans.

    Il n’y a pas d’esprit critique ! Personne ne pense même à voir que Microsoft, essaye d’être productif en utilisant un produit , car on a souvent tendance à l’oublier mais c’est ni une association à but non lucratif, ni un gros bloc, mais des personnes payées pour travailler et réaliser un bénéfice, personnes qui on le poids de pas mal de millions d’ordinateurs à updater alors que le seuil de rentabilité d’un produit vendu est peut-être dépassé.
    Gagner sa vie est le but de pas mal de personne dans le monde, on gagne mieux sa vie en ayant recours à des méthodes de protection de savoir que de libre, faites le rapport de combien qui on réussis avec chaque méthodes.

    Nobel à inventé l’une des plaies du monde la dynamite, il l’a déposé, il a été riche, il a été conscient du mal qu’il avait fait, il a créer un prix aujourd’hui célèbre.
    Gates à créer Microsoft, il la protégé, il est riche, mais lui n’as pas accentuer les guerres, il n’a pas la mort de beaucoup de gens sur la conscience, il a quand même créer une base sur laquelle beaucoup de gens vivent, pas meurs.

  5. Vaasref:
    "on a souvent tendance à l’oublier mais c’est ni une association à but non lucratif, ni un gros bloc, mais des personnes payées pour travailler et réaliser un bénéfice, personnes qui on le poids de pas mal de millions d’ordinateurs à updater alors que le seuil de rentabilité d’un produit vendu est peut-être dépassé."
    Comme tu le souligne si bien dans la première partie de ta phrase, ce sont des personnes payées pour faire un bénef. Quant à la deuxième partie, c’est, dans une logique commerciale, tout à fait acceptable: tu peux très bien maintenir un produit pour maintenir la dépendance à la marque…

    Ce qui est surtout critiqué dans cet article, c’est le fait que Microsoft affirme vouloir faire de l’open src, alors que lorsque l’on regarde un tantinet plus loin, tu vois que c’est de l’hypocrisie: le simple faite qu’il compte se baser sur le framework .Net… Quand tu fais du libre, tu t’arranges à ce que ce soit ouvert au maximum, avec un minimum de restriction qui ont surtout une fonction d’assurer la continuité de l’utilisation d’une licence libre et que tout le monde puisse l’adapter quelle que soit sa machine. Si tu te base déjà sur une technologie fermée, qui n’est pas multi-plateforme (d’accord, il existe mono) et est brevetée, tu romps déjà en partie avec la philosophie à laquelle tu te réclamais…

  6. @vaasref
    Avez-vous seulement conscience de laisser derrière vous toute une nuée de fautes d’orthographe / ou de frappe ? Non, bien sûr, le "geek" que vous devez être ne se retourne pas sur ces basses contingences. Curieux d’ailleurs comme personne ne s’en émeut ici même, comme si le combat était perdu d’avance, comme si l’essentiel n’était plus là.
    Pourtant, ce qui se conçoit bien …

  7. @Vaasref : C’est quoi ce délire sur la dynamite ? Une plaie du monde, tu plaisantes ? Ça a surtout servi à faire des travaux de génie civil et à éteindre des incendies !

    Si tu penses aux armes antipersonnelles, faites pour tuer des gens, elles utilisent de la poudre à canon, pas de la dynamite. Un fusil chargé à la dynamite, ça ne tuerait que son porteur. Si tu penses aux armes de sabotage de constructions, ça existait déjà avant, et c’est certes plus efficace à la dynamite, mais c’est un usage mineur.