Pour d'autres exemples :

Beagle est à ma connaissance le premier "desktop search" même si copernic et d'autres ont sortie des solutions stables et performantes avant.

Spambayes et autres antispam bayesien viennent aussi du monde libre il me semble.

Les clusters de cubes OLAP sortent de labo canadien en libre.

cocoon, couchdb, pypy, d'autre projet apache ou de consortium sont plutôt funky dans leurs genres

httpd et de gros morceaux du web
Amaya l'implémentation de référence d'un certain nombre de "nouvelles" technologies.

Mais surtout, je crois que le problème est biaisé, elle part du principe que la licence du produit _final_ a influé sur son _élaboration_.

Alors que la licence est un choix stratégique.

Le problème est qui innove? (Xerox, labo de R&D public INRIA & co, labo IBM, labo HP, labo Microsoft, etc...)
Est ce qu'un mode de distribution final de ces innovations en logiciel libre est mauvais pour ces innovateurs (hint: Microsoft est le seul qui ne soit pas axé sur les services et le matériel).

Par contre, du coté du libre clairement, la FSF n'innove pas (et elle a commencé à vouloir élaborer une liste des innovations du libre, en tombant dans le piège sans ce rendre compte que le processus d'innovation venait avant la distribution/communication aux autres et du coup il y a une page vide qui traine sur leur site pour ces innovations). Mais la FSF n'est pas le libre.