Cette page décrit assez bien la méthode pour ajouter des sous titres en sur-impression sur une vidéo (Html5 + javascript) http://dev.opera.com/articles/view/... .

Dans mon cas, je voulais que l'utilisateur choississe sa langue de sous-titre. Je suis passé par des fichiers xml, un pour chaque langue, dans lequel j'indique le temps (en secondes) de début d'apparition du sous titre, le moment (en seconde) de sa disparition et le texte correspondant. L'avantage c'est qu'il y a une seule et unique vidéo, à l'utilisateur de choisir sa langue. Pas besoin de réencodage pour incrustation.
Ca marche vraiment bien.