@vvillenave :
Les applications libres et en ligne, ça n'existe pas vraiment de toute manière…
Enfin disons que la définition de Libre à laquelle elles répondent est légèrement dépassée avec l'omniprésence des applications en ligne, de l'informatique dans les nuages, etc. (d'où le besoin grandissant d'auto-hébergement de ses applications et de projets comme Unhosted).

Par ailleurs, je ne vois pas bien en quoi il est nécessaire que le lecteur de pdf soit en ligne.
S'il s'agit de visualiser des pdf sans quitter le navigateur web, je dirais simplement que j'ai vu des gens qui bossent sur pdf.js chez Mozilla (http://andreasgal.github.com/pdf.js...) (notamment un qui se battait avec des encodages de caractères exotiques) : ça arrive.

Lorsque j'ouvre un pdf, il s'ouvre dans Evince. Si je clique sur un lien dans ce pdf, il s'ouvre dans Firefox. Si cela me dérangeait de quitter celui-ci, j'aurais peut-être essayé d'y faire quelque chose… par exemple ça http://www.webupd8.org/2011/03/get-... (il y en a aussi pour les applications kde http://www.unix-ag.uni-kl.de/~fisch...)