Je ne suis pas du tout programmeur, donc mon avis est peut-être complètement faux.
Mais j'avais lu quelque part (je ne sais plus où), que cela était en fait historique : aux débuts de l'informatique, les ordinateurs ne se trouvaient que dans des universités, ce qui fait que les hackeurs venaient travailler la nuit, lorsque les ordinateurs étaient disponibles, tout simplement.
Après, possible que les raisons évoquées dans cet article aient pérennisé cette pratique, y compris lorsque chacun a eu accès à l'ordinateur personnel.