@Elsa:
J'en vois au moins trois:

- le modèle orienté service: le logiciel est libre, mais on vend du service autour (consultation, installation, configuration, personalisation, ... ).
Red Hat, par exemple, fonctionne sur ce modèle.

- le développement interne: une entreprise décide de développer leur propre application correspondant à leurs besoins et de la laisser à la disposition du public (il n'y a aucun enjeu, puisque le logiciel n'est pas destiné à être commercialisé). Eventuellement, cela peut donner naissance à un échange de bons procédés entre deux entreprises qui bénéficient mutuellement des développement de l'autre (ce qui permet de ne pas réinventer la roue de chaque côté).
Dans ce cas, les développeurs sont des salariés... qui sont donc payés pour le travail fourni.

- les donations/souscriptions: une asbl ou un consortium est créé pour recueillir des dons. Ce qui permet de payer les développeurs.
Mozilla et Blender sont basés sur ce principe.

Mais je suis sûr qu'il y en a d'autres...