Personnellement, j'utilise Amanuensis pour générer mes fichiers epub :
http://amanuensis.pagesperso-orange...

Le manuel, inclus dans le paquet de téléchargement d'Amanuensis est vraiment une base pour savoir comment faire de l'epub proprement avec les images notamment et j'ai toujours des soucis avec Writer2epub. Et puis c'est portable. Mais, évidemment, je rédige mes textes dans LibreOffice ce qui me permet d'avoir aussi une version pdf qui n'a pas tout à fait la même mise en forme avec une seule saisie (merci l'extension Template Changer).

Cela dit, utiliser correctement les styles est la base de l'écriture numérique : on le voit pour les fichiers epub, mais c'est valable aussi pour écrire (confortablement) des articles pour des sites soit en recourant à des plugins pour le CMS qu'on utilise (odt2spip pour Spip par exemple ou bouton Coller du texte Word qui marche avec du texte LibreOffice de Wordpress).