@Philippe : tu es sans doute la dernière personne que j'aurai traité d'esprit chagrin :)

"En quoi la diversité d'annuaire va-t-elle générer de l'innovation ?"
Par exemple, on trouve sur clibre.eu une idée de classement par "alternative" ou pour smartphone.
Même si ça n'est pas révolutionnaire, cela n'existe pas (encore) sur Framasoft.

"Ce que l'on demande à un annuaire, c'est d'être exhaustif et à jour non ?"
Non, un annuaire répond à un public.
http://framalibre.org est généraliste et francophone et n'a *jamais* visé à l'exhaustivité.
http://projet-plume.org est orienté Université et Recherche.
http://framastart.org est destiné aux "nouveaux entrants"
etc.

Perso, et c'est un membre de Framasoft qui le dit : n'avoir qu'un seul annuaire de logiciels, ben ça m'ennuierait. Ca serait bien pratique, oui. Mais dire à quiconque qui voudrait faire le sien "Ha mais attends, là, y a une tête qui dépasse, ça va pas du tout : rentre dans le rang tout de suite avec ton annuaire pour les microbiologistes", je trouverai que ça serai briser des valeurs importantes du libre.

On pourrait faire le paralèlle avec les distributions linux.
Il y en a (clairement !) trop. Et ça perd l'utilisateur, oui.
Mais s'il n'y avait qu'une seule distrib, la gouvernance d'un tel projet deviendrait vite fascisante (bam, point Godwin) et au final l'utilisateur serait perdant. (toute ressemblance avec une distribution s'étant présentée comme LA distribution serait bien évidemment purement fortuite :P )

"Tiens une idée à deux sous, on ne pourrait pas avoir un dépôt (sous licence libre) où seraient stockés les fiches des logiciels dans un format ouvert genre XML (Asciidoc, docbook ou autre, je ne suis pas un spécialiste) dans lequel chacun peut venir puiser pour monter son propre petit annuaire thématique et/ou métier ?"
Ca faisait parti de mon projet proposé à l'asso (en 2011 : https://pyg.framapad.org/Refonte-An... ), j'avais notamment creusé DOAP : https://github.com/edumbill/doap/wi...
Pour diverses raisons (notamment l'énergie et la coordination qu'un tel projet réclame), on s'en est éloigné pour revenir à quelque chose de plus simple.
Maintenant, je n'ai rien contre, bien au contraire, mais il faut trouver les gens pour le faire (ce n'est pas une question d'outil).

Bref, j'entends bien ta remarque. Mais je suis bien obligé de faire le constat que Framalibre ne répond pour l'instant pas à cette demande. Que des annuaires comme clibre.eu voient le jour durent dans le temps, c'est à mon avis une bonne chose pour l'utilisateur. L'avenir nous le dira.