En réponse à Soyons franc.

Je rajoute d'autres exemples de bonnes pratiques pour le point 3:
- Ne pas favoriser le "design" au détriment des fonctionnalités (ça se fait de plus en plus aujourd'hui)
- Avoir une arboressence générique fiable qui évite un éparpillement des fichiers dans tout le système (ce qu'il y a entre parenthèse sont les sous-dossiers): Binaries, Profiles (Configuration, etc), Core (Libraries, Resources, Blob, etc), Extensions (Libraries, Resources, Blob, etc), Tools, Cache/Temp. Et c'est tout en règle générale.
Tout doit le plus que possible tenir dans le dossier de l'application, l'idée serait de se mettre le plus que possible dans une situation de portableapps.

Pour ce qui est des applications consoles:

Certaines ne voient plus vraiment de nouvelles fonctionnalités (surtout les historiques), à un moment il faut bien passer au GUI si on ne veut pas perdre d'utilisateurs ou contributeurs.
Il y a aussi des tas de logiciels propriétaires qui ont des GUI (même basiques) depuis le millieu des années 2000, pourquoi pas dans le monde du libre ?

Je ne dis pas d'oublier le CLI, car c'est très franchement utile pour automatiser ou en cas de problème. Mais pour une utilisation quotidienne hors dévelopeur, rien ne vaut un GUI.

Ce que je ne trouve pas normal, c'est par exemple:
- La plupart des GUIs n'égalent pas à hauteur minimum de 75% les fonctionnalités du mode CLI.
- La seule alternative viable (car non sur-simplifiée) pour les .deb reste synaptic, hors tout le monde n'arrête pas de montrer au nouveaux apt-get. Et il n'y a toujours pas moyen de copier-coller l'historique d'un seul coup ni d'organiser convenablement les sourcs.list.
- Les archiveurs GUI manquent cruellement d'options de compression (ex: Pas d'LZMA2, pas de taille de dictionnaire, pas de word size, solide/pas solide, etc) et de paramétrage).
- Flatpak n'a toujours pas de GUI officiellement, ironie quand tu nous tiens

Honnêtement, ce que les gens demandent au minimum c'est quelque chose qui s'est fait au début des années 2000: Un logiciel fait le boulot de base avec une interface simple (ex: vlc et 7zip sur Windows y arrivent toujours très bien, ça ressemble encore à des logiciels sous Windows XP et heureusement !) non sur-simplifiée/"moderne".
Le problème, c'est qu'il ne reste qu'un an et un peu plus d'un trimestre avant qu'on soit en 2020... et que ces outils historiques n'ont toujours pas de GUI alors qu'ils sont très utilisées (7zip sur Linux par ex). Il y a donc 20 ans de retard pour pas mal de logiciel libres quand il n'y a pas de GUI, et un manque flagrant de stabilité et d'un minimum d'ergonomie pour certaines d'entre elles (ex: D-Feet).

J'essaye aussi tant que possible d'utiliser Debian sans une seule ligne de commandes, c'est quasiment possible mais ça reste un gros parcours du combattant (contrairement à Ubuntu, Debian est un minimum stable même si ce n'est plus autant qu'avant).
En extrapolant ce cas, vous devez comprendre que j'ai donc un mal de chien à convaincre les gens (même et surtout des dévelopeurs !) d'utiliser les logiciels libres (hors vlc et Firefox) et donc ramener de potentiels intéressés qui pourront contribuer aux projets libres.

A noter que je ne jette pas entièrement la faute à un manque de volonté indirecte de faire vivre un projet.
Je conçoit que les outils que nous disposons aujourd'hui ne sont pas adaptées pour faire des GUIs rapidement (mais proprement !) avec un minimum décent d'investissement.

Mais du coup, pourquoi n'avons nous toujours pas quelque chose de décent en 2018 ?
Pourquoi n'a t'on pas un équivalent (même limité, mais ayant un minimum décent) de ce que fait Microsoft en terme de GUI aujourd'hui dans le monde du libre ?

Gtk est devenu une blague, Qt a un learning curve encore un peu trop élevé, beaucoup de gens font du coup des applications desktop via un browser avec du JavaScript (ex: Electron) !
Résultat, Gnome 3 est une ignominie sans nom (instable et pas fonctionnel, "design" tablette pour du desktop), KDE 5 est vraiment pas mal (mais est trop fouillis et pas assez réactif, comparez à XFCE ou Mate !). Mais tous deux ont des effets graphiques et une utilisation de l'accélération graphique inutile (allez à l'essentiel !).
Du coup ce n'est pas étonnant que des interfaces millieu des années 2000 soient remises au goût du jour et qui par mérite, gagnent de plus en plus de popularité: XFCE et Mate.
Le monde du libre doit sérieusement réfléchir à cet étude de cas, et vite si ils veulent rattraper ce TGV ("train" dont je parle plus haut) qui arrive sans s'arrêter.

A cela s'ajoute deux camps:
Des consoleux qui sont majoritairement des dévelopeurs (et pour être franc, esclaves de leur machines) qui se complaisent des années 90 de l'informatique et de l'autre des "design whingers" qui n'ont clairement rien à faire dans le monde du logiciel (les "dévelopeurs" qui utilisent du JavaScript pour faire du desktop, et ceux prônant le "minimalisme"/sur-simplification) mais qui sont la résultante d'un dégout des premiers.
Et aussi un troisième camps, totalement ignoré et qui est en réalité le coeur du "marché" (je n'aime pas ce terme, mais j'ai pas mieux):
Des utilisateurs qui aimeraient juste que l'interface leur permette de faire ce que le logiciel leur permet, sans devenir l'esclave de leur machine (consoleux) ni se branler le cerveau ("design" whingers).
Chose que fait très exactement encore une fois, des interfaces style XFCE et Mate (et leur logiciels respectifs surtout).

Bref, il y a clairement un gros problème dans le monde du libre niveau GUI, et ça le déssert très fortement.