Un point important, déjà signalé en particulier par Flol est qu'il faut essayer d'utiliser des outils aussi basiques que possibles.
Je me souviens d'avoir utilisé un outil sur Ubuntu qui faisait des backup à la fois incrémentaux et chiffrés; la perle. Seul inconvénient : le logiciel lui-même est requis pour accéder aux données.

À mon avis un bon mécanisme de backup est un mécanisme qui permet de récupérer les données avec une simple copie (simple 'cp' en bash).

Bref, je fais mes backup vers un disque externe, dont le système de fichier est chiffré (luks); mais le backup lui-même ne chiffre pas.

Je n'utilise pas rsync parce que, justement, un backup n'est pas une synchronisation. Si je supprime un fichier, je ne veux pas qu'il soit supprimé de mes backup; il me faut un mécanisme plus fin que ça.

Au final, j'ai écrit mon propre programme de backup[1] parce que je n'en connais pas qui satisfont toutes mes exigences (et aussi parce que je devais remettre un projet en C++).

[1] https://github.com/LaurentClaessens/lora